Il Fondo edifici di culto ha ereditato dagli enti che lo hanno preceduto (v. Storia) il patrimonio, ma anche la documentazione d'archivio. Una parte di essa è direttamente confluita nei fascicoli di uso corrente, in particolare, nelle due serie archivistiche sui compendi conventuali e monastici colpiti dalla soppressione della seconda metà dell'Ottocento, e sugli inventari di opere e oggetti d'arte appartenenti alle chiese annesse a quei compendi. Un'altra parte è invece conservata, a disposizione di studiosi e altri interessati, dal Fondo edifici di culto in una propria sezione storica collocata nel complesso ex monastico di Santa Croce in Gerusalemme di Roma (v. modalità di accesso), in accordo con l'Archivio centrale dello Stato. Infine, a quest'ultimo è stata versata una terza parte della documentazione, della quale sono qui indicati i legami con i fondi e le serie archivistiche conservati dal Fondo edifici di culti, pemettendo l'accesso alle relative risorse in rete. È possibile raggiungere le diverse articolazioni del complesso documentario anche a partire dai soggetti produttori, le cui schede sono parte integrante della descrizione archivistica.
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