Il Fondo edifici di culto (FEC) è stato istituito dal Titolo III (artt. 54-65) della legge 20 maggio 1985, n. 222, per l'attuazione di alcuni aspetti dell'Accordo del 18 febbraio 1984 tra lo Stato Italiano e la Santa Sede, che ha modificato il Concordato lateranense dell'11 febbraio 1929.
Come disposto dalla norma citata (attuata con il regolamento di cui al DPR 13 febbraio1987 n. 33) il FEC è succeduto, ereditandone i patrimoni, al Fondo per il culto, al Fondo di beneficenza e religione nella città di Roma e ad altre Aziende speciali di culto. A tali enti erano stati attribuiti le rendite e i beni degli enti ecclesiastici soppressi nella seconda metà del XIX secolo. Fra questi beni figuravano anche le chiese annesse ai conventi e ai monasteri colpiti dalle norme di soppressione.

Nel contesto della formazione dello Stato italiano, durante la seconda metà del XIX secolo, l'ideologia liberale e la concezione laica dello Stato portarono alla emanazione, prima nel Regno di Sardegna e poi nel Regno d'Italia, di una serie di norme conosciute nel loro insieme come "legislazione eversiva dell'asse ecclesiastico". Con tali norme furono soppresse le case degli Ordini religiosi (le cosiddette Corporazioni religiose) e gli enti ecclesiastici secolari non finalizzati alla cura delle anime, revocandone la personalità giuridica e confiscandone l'ingente patrimonio accumulato nel corso dei secoli passati. Le finalità perseguite erano molteplici. Da un lato, mediante la vendita dei beni acquisiti, si cercò di fornire un sostegno alle finanze dello Stato e, nel contempo, si volle restituire alla libera circolazione del mercato i beni ecclesiastici che formavano la cosiddetta manomorta. D'altro canto, con una parte degli introiti ottenuti, si costituirono enti distinti dallo Stato, con autonomia patrimoniale e gestionale, che avrebbero dovuto provvedere all'erogazione delle pensioni ai membri delle Corporazioni religiose disciolte, al pagamento dei vitalizi ai sacerdoti secolari privati delle rendite dei benefici soppressi, nonché all'assegnazione del supplemento di congrua ai parroci, ossia una integrazione della rendita per i benefici parrocchiali che ne producessero una di importo inferiore a quella minima stabilita dalla legge. Si sarebbe attuato in tal modo un trasferimento alle parrocchie più bisognose delle risorse economiche provenienti dagli enti ecclesiastici più ricchi e da quelli ritenuti dallo Stato dannosi per la società e inutili per il culto e perciò soppressi.

Il primo ente creato dallo Stato, ma da esso distinto, per realizzare tale ridistribuzione fu la Cassa ecclesiastica, istituita con la legge 29 maggio 1855 n. 878, operante dapprima nel solo Stato sabaudo e poi anche nelle Marche, in Umbria e nelle Province napoletane (ossia la parte continentale del Mezzogiorno), man mano che queste regioni venivano annesse al nascente Stato unitario, fra il 1860 e il 1861.

Con il decreto luogotenenziale 7 luglio 1866, n. 3036, che estese la soppressione all'intero territorio nazionale, la normativa conobbe una seconda fase (preannunciata peraltro dalla legge 21 agosto 1862, n. 794). Furono private della personalità giuridica le Corporazioni religiose (monasteri e conventi, come si è detto) e si affermò il sistema della conversione: ad acquisire i beni degli enti soppressi fu stavolta designato il Demanio, che, a fronte di ciò, doveva inscrivere una proporzionale quantità di rendita pubblica a favore del Fondo per il culto, nuova istituzione subentrata alla Cassa ecclesiastica. Il sistema fu perfezionato successivamente con la legge 15 agosto 1867, n. 3848. Essa stabilì la soppressione di enti ecclesiastici secolari di carattere collegiale (chiese collegiate, chiese ricettizie, comunìe e cappellanie corali) e individuale (abbazie e priorati, benefici semplici, cappellanie ecclesiastiche), e di altri enti come le cappellanie laicali e le fondazioni o legati pii aventi scopo di culto, prescrivendo il sistema della conversione anche per i beni sottratti a questi soggetti. Nella sua seconda parte, poi, disciplinò il procedimento di vendita ai privati di tutte le sostanze patrimoniali incamerate dal Demanio.

Diverse categorie di beni furono escluse dalla conversione. In primo luogo, come prevedeva il D.Lgt. 3036/1866 (art. 20), i fabbricati dei monasteri e dei conventi furono ceduti gratuitamente ai Comuni e alle Province che ne fecero richiesta per adattarli a scuole, asili infantili, ospizi, ospedali o altre opere di beneficenza e di pubblica utilità. In tal modo furono acquisite le strutture edilizie necessarie alle amministrazioni e ai servizi del nascente Stato unitario. In secondo luogo, sempre in esecuzione del dettato normativo, le collezioni librarie delle case religiose costituirono la base per la nascita delle biblioteche civiche, mentre altrettanto avvenne per gli oggetti d'arte devoluti ai nuovi musei istituiti nei Comuni e nelle Province: non senza però il verificarsi di gravi fenomeni di dispersione del patrimonio librario e artistico. Infine, fu prescritto che le chiese già degli enti soppressi, qualora fossero mantenute aperte al culto, non potessero essere oggetto di alienazione, ma dovessero essere conservate alla loro destinazione, insieme con gli arredi sacri e gli oggetti d'arte che vi si trovavano. Si trattava di un immenso patrimonio, che avrebbe dovuto essere amministrato, assumendone gli oneri di ufficiatura e di manutenzione, dal Fondo per il culto, per quanto riguarda le chiese di derivazione monastica e conventuale, e dal Demanio, per quanto riguarda le chiese già appartenute agli enti secolari. In realtà, non sempre furono stabiliti con chiarezza e rispettati i diritti di proprietà sugli edifici sacri, così come era stato previsto dalla normativa. Si verificò, ad esempio, che la cessione delle chiese da parte del Fondo per il culto ad altri soggetti fu nei fatti da essi travisata, intendendola, invece che come cessione in uso, cessione in proprietà, e dunque in tal modo contravvenendo alle norme delle leggi di soppressione.

Del resto l'attività del Fondo per il culto per un lunghissimo periodo, e cioè a partire dalla metà degli anni Ottanta dell'Ottocento, fu in gran parte assorbita dalla gestione del trattamento economico dei parroci in relazione al supplemento di congrua sopra ricordato e alla pletora degli affari di contenzioso che ne derivarono. L'assottigliarsi delle risorse economiche del Fondo, connesse anche con la svalutazione monetaria occorsa nel periodo della prima guerra mondiale, costrinse peraltro a un sempre più consistente intervento della finanza statale a sostegno del contributo alle congrue parrocchiali, riducendo così l'autonomia del Fondo medesimo.

Quest'ultimo tuttavia mantenne alcuni caratteri della sua originaria fisionomia, che avrebbero dovuto assicurarne la posizione di separatezza dall'amministrazione statale vera e propria. Per tutta la sua esistenza, la gestione del Fondo si avvalse di un Consiglio di amministrazione (così come un Consiglio speciale era stato previsto per la Cassa ecclesiastica), ma la struttura burocratica, già dall'inizio configurata come Direzione generale, era incardinata nel Ministero di grazia e giustizia e dei culti. Ad essa fu affidata anche la gestione del Fondo di beneficenza e di religione nella città di Roma, istituito dalla legge 19 giugno 1873, n. 1402, che, con particolari eccezioni, estese alla provincia romana la soppressione degli enti ecclesiastici. Qui la vicenda, intersecatasi con quella del trasferimento a Roma della Capitale del Regno, ebbe inizialmente altri protagonisti istituzionali che però rimasero in vita poco più di un decennio: dal 1873 al 1879 la Giunta liquidatrice dell'asse ecclesiastico di Roma e il Commissariato che le succedette dal 1879 al 1886. Nella trasformazione del tessuto urbano dell'Urbe, in relazione all'insediarsi dei Ministeri e degli altri organi dello Stato, un ruolo di primaria importanza fu giocato dal riuso dei fabbricati di conventi e di monasteri, consentito dalla legge 3 febbraio 1871, n. 33, che permise l'esproprio di quelle strutture edilizie, mentre la citata legge del 1873 mise l'amministrazione municipale in condizione di acquisire anch'essa antichi stabili conventuali e monastici per le nuove funzioni che era chiamata a svolgere nel campo assistenziale e in quello dell'istruzione primaria. Sempre in base alla norma di soppressione, le ingenti raccolte librarie delle Corporazioni religiose costituirono il patrimonio iniziale della Biblioteca nazionale Vittorio Emanuele II inaugurata nel 1876.

I Patti lateranensi del 1929 segnarono un momento di svolta anche nella vicenda qui illustrata. Lo Stato italiano riammise la possibilità che fosse riconosciuta la personalità giuridica civile, secondo le modalità fissate nella legge 27 maggio 1929, n. 848, a nuove associazioni religiose (Ordini e Congregazioni) e ad altri enti ecclesiastici con caratteristiche simili a quelli in precedenza soppressi. Inoltre, fu concentrata nella Direzione generale del Fondo per il culto l'amministrazione di altri patrimoni: quello dei soppressi Economati generali dei benefici vacanti e quello dei Fondi di religione esistenti nelle province acquisite all'Italia in seguito alla prima guerra mondiale. Gli Economati generali erano organi dello Stato, dipendenti anch'essi dal Ministero di grazia e giustizia, con il compito di amministrare il patrimonio dei benefici, ossia degli uffici ecclesiastici, nel periodo in cui essi erano privi di titolare. Essi furono soppressi con il Concordato, che decretò la fine della «regalia», ossia del diritto attribuito al Sovrano sui frutti dei benefici vacanti. I Fondi di religione, invece, erano stati istituiti nell'Impero austriaco alla fine del XVIII secolo per gestire il patrimonio di conventi e altri enti ecclesiastici soppressi. Fra le proprietà a essi appartenenti spiccava la grande Foresta di Tarvisio, ai confini fra Italia, Austria e Jugoslavia. Nel 1932, infine, la Direzione generale del Fondo per il culto fu trasferita alle dipendenze del Ministero dell'interno.

Con il nuovo Accordo del 1984 per la revisione del Concordato sono mutate profondamente le modalità con le quali è organizzato il sostentamento del clero cattolico nello Stato italiano. La legge 20 maggio 1985, n. 222 lo ha ora attribuito ad appositi Istituti diocesani e a un Istituto centrale, eretto dalla Conferenza episcopale italiana. La retribuzione di parroci e vescovi è dunque attualmente assicurata dalle risorse di enti che fanno parte dell'organizzazione della Chiesa cattolica e a cui lo Stato riconosce personalità giuridica civile. Tali risorse sono costituite da contributi della Conferenza episcopale italiana e da erogazioni liberali da parte dei cittadini italiani deducibili dalle imposte. La Chiesa cattolica è peraltro destinataria della quota dell'otto per mille dell'imposta del reddito delle persone fisiche che i contribuenti decidono di devolverle e che può essere impiegata anche per il sostentamento del clero. Cessata dunque la finalità principale per cui erano nati, il Fondo per il culto e gli altri Fondi di religione sono stati soppressi dalla legge del 1985. I loro patrimoni sono stati ereditati dal Fondo edifici di culto, la cui denominazione rende manifesta la rinnovata missione istituzionale. In funzione dal 1° gennaio 1987, il nuovo ente ha intrapreso la complessa attività di verifica dei propri diritti di proprietà sulle chiese acquisite attraverso la Cassa ecclesiastica e il Fondo per il culto. Nel contempo ha svolto e svolge le azioni prescritte dalla legge per il restauro e la tutela dei propri edifici sacri, nonché le iniziative di valorizzazione, fra le quale si annovera anche la costituzione e la gestione del presente sito Web.