L'archivio conserva molteplici fondi documentali, dei quali il più cospicuo è quello relativo alla Direzione generale del Fondo per il culto. Fu quest'ultima a ereditare le carte dell'Amministrazione della Cassa ecclesiastica (Ufficio centrale di Torino e Direzione speciale per le Province napoletane) nel 1866; quelle della Giunta, poi Commissario regio, per la liquidazione dell'asse ecclesiastico di Roma nel 1886; infine, nel 1929, quelle degli Economati generale dei benefici vacanti (nella parte relativa alla gestione dei loro patrimoni), insieme a quelle prodotte per la gestione dei Fondi di religione delle province ex austro-ungariche.
Tutta la documentazione seguì ovviamente la Direzione generale nel suo trasferimento dal Ministero della giustizia a quello dell'interno nel 1932, passando poi in carico alla Direzione degli affari dei culti, nata dalla fusione nel 1977 fra la Direzione generale del Fondo per il culto e la Direzione generale degli affari di culto. Anche quest'ultima conferì nella nuova Direzione generale il proprio archivio, il quale, tuttavia, non forma qui oggetto di trattazione (cfr. quanto conservato dall'Archivio centrale dello Stato relativamente all'Archivio generale della Direzione generale degli affari di culto).
Per quanto riguarda la collocazione fisica delle carte, quelle più risalenti si trovavano ancora nel 1968 in una soffitta, della superficie di circa 800 metri quadrati, del Ministero di grazia e giustizia. Del resto solo nel corso del 1962 gli uffici della Direzione generale del Fondo per il culto si erano trasferiti dal palazzo di via Arenula a quello del Viminale. Tra la fine degli anni Sessanta e gli inizi dei Settanta del Novecento, l'archivio di deposito era stato invece sistemato in uno stabile di via Sant'Angelo in Pescheria al n. civico 34/B, ma la documentazione conservatavi veniva in effetti considerata ancora utile al servizio e per questo frequentemente consultata. Nel corso di un censimento degli archivi di deposito dei Ministeri, condotto dall'Archivio centrale dello Stato nel 1993, fu infatti rilevato che, rispetto ad altri depositi, le cui condizioni vennero generalmente stimate non idonee sotto il profilo dell'umidità, della pulizia e dell'ordine, quello di Sant'Angelo in Pescheria, costituiva un'eccezione e che si trattava di una situazione particolare anche perché il materiale archivistico, «pur risalendo per alcune serie al 1860», era considerato dall'ufficio come ancora «corrente».
Ma nel frattempo, soppressi il Fondo per il culto e gli altri analoghi Fondi di religione, dal 1° gennaio 1987 era succeduto loro, con differenti finalità, il Fondo edifici di culto, amministrato sempre nell'ambito della Direzione generale degli affari dei culti. Si pose mano subito a operazioni di scarto del materiale archivistico che fu ritenuto non più utile all'attività amministrativa e alla ricerca storica, come la documentazione in copia sulle affrancazione dei canoni, dei censi e dei livelli e altri documenti contabili. Fra il 1994 e il 1997 furono effettuati ingenti versamenti di carte all'Archivio centrale dello Stato.
Cresceva intanto la necessità da parte dell'ufficio di mantenere in ordine e sotto più stretto controllo il materiale archivistico conservato in via di Sant'Angelo in Pescheria, poiché la nascita del Fondo edifici di culto poneva più intensa l'esigenza di una dettagliata rilevazione patrimoniale, proprio in ragione delle finalità che la legge aveva attribuito all'ente. La nuova missione istituzionale - la conservazione, il restauro, la tutela e la valorizzazione degli edifici sacri pervenuti in virtù delle leggi di soppressione ai vecchi Fondi e da questi al nuovo - richiedeva dunque un più assiduo lavoro di accertamento da condursi in prima istanza sui documenti ottocenteschi relativi agli enti soppressi. Occorreva rivedere tutti gli atti di cessione in uso delle chiese di proprietà, che nel corso degli anni erano stati stipulati con differenti soggetti e con clausole spesso diverse fra loro, determinando peraltro una notevole incertezza nelle singole situazioni giuridiche, dovuta talvolta alla difficoltà di reperire i relativi atti. Inoltre, per diverse situazioni di compendi ex conventuali sulle quali si rinveniva documentazione in archivio, era possibile in tal modo risalire all'origine dei diritti di proprietà del Fondo, che erano stati nei fatti obliterati e che invece occorreva ora far valere. Aumentavano, inoltre, le richieste di consultazione di tali documenti da parte di privati, sia per avere anch'essi notizie circa la proprietà dei complessi conventuali coinvolti nella soppressione, sia per interessi di studio e di ricerca. Il frequente prelevamento di unità archivistiche dal deposito e la distanza di questo dalla sede del Viminale produceva una situazione di sempre più accentuato disordine. Infine, si accentuavano le pressioni per lo sgombero dei locali di Sant'Angelo in Pescheria, che avrebbero potuto produrre un considerevole reddito con l'affitto e con la vendita.
Tutto ciò condusse nel 1999 al trasferimento della documentazione dal vecchio deposito a locali situati più da presso la sede dell'ufficio: i verbali di presa di possesso dei beni delle corporazioni religiose soppresse vennero conservati in una stanza dello scantinato del palazzo del Viminale, mentre altro materiale archivistico fu trasportato presso gli uffici del Ministero siti in via Cavour, nel tratto contiguo a piazza dei Cinquecento. Ben presto, tuttavia, quest'ultimo deposito fu sgombrato a causa della forte umidità e la documentazione trovò posto nei locali, molto più salubri, di uno spazioso edificio situato però nella periferia di Roma, presso la via Casilina.
Quest'ultimo dislocamento provocò per di più diversi problemi all'ordinamento della documentazione, anche perché nel medesimo luogo furono conferite, nel corso del 2000, anche le carte pertinenti a tutte le divisioni della Direzione generale degli affari dei culti. Peraltro, nel 2001 la Direzione generale fu soppressa e da essa nacquero la Direzione centrale degli affari dei culti e la Direzione centrale per l'amministrazione del Fondo edifici di culto (appartenenti entrambe al Dipartimento per le libertà civili e l'immigrazione). Esse misero mano solo molto più tardi a un'opera di riordinamento, anche perché ciascuno dei due uffici doveva assumere sotto la propria responsabilità la documentazione di propria pertinenza, per provvedere poi allo scarto o al versamento. Le operazioni ebbero un esito molto parziale. Secondo il criterio delle rispettive competenze si giunse a una distribuzione delle diverse serie archivistiche: alla Direzione centrale degli affari dei culti toccarono quelle originate dall'attività della Direzione generale degli affari di culto; alla Direzione centrale per l'amministrazione del Fondo edifici di culto, spettarono quelle relative all'amministrazione del Fondo per il culto e delle altre simili aziende. Molto superficiali furono i tentativi di dare un ordine corretto alla documentazione dei due insiemi archivistici, anche per carenza di personale preparato a trattare adeguatamente materiale risalente, per una parte cospicua, al XIX secolo.
Alla porzione documentaria di pertinenza della Direzione centrale per l'amministrazione del Fondo per il culto si aggiunse, nel deposito periferico, anche la menzionata serie dei verbali delle prese di possesso (ivi trasportata e collocata per fortuna ordinatamente), e poi anche la serie relativa ai verbali dei Consigli di amministrazione del Fondo per il culto e del Fondo di beneficenza e di religione nella città di Roma. La parte più antica di questi verbali era invece custodita presso la biblioteca della Direzione centrale, insieme a quelli della Cassa ecclesiastica. Nel 2010 l'ufficio avviò finalmente l'ordinamento di tutto questo insieme documentario, per facilitarne l'accesso sia per il reperimento di atti ancora utili alle attuali funzioni amministrative, sia per la ricerca da parte di studiosi e altri interessati. Concluse le operazioni, il materiale è stato collocato nel 2013 nella sala già occupata dalla Biblioteca Sessoriana, entro il complesso ex monastico di Santa Croce in Gerusalemme di Roma, in accordo con l'Archivio centrale dello Stato. Dal 2020 la gestione del complesso archivistico è demandato alla Direzione centrale dei culti e per l'amministrazione del Fondo edifici di culto, nata dalla fusione delle due Direzioni centrali più sopra citate.
Il principale fondo conservato dall'Archivio storico è quello relativo all'archivio della Direzione generale del Fondo per il culto, dal 1977 Direzione generale degli affari dei culti. La documentazione degli altri fondi è ovviamente strettamente collegata alla precedente, ma non riconducibile ad essa sul piano formale archivistico. Infatti, nelle carte ereditate dalla Direzione generale del Fondo per il culto, alcune serie archivistiche avevano esaurito la loro vita con quella degli enti che le avevano prodotte, mentre per alcuni "spezzoni" documentali non è stato possibile ricostruire la loro collocazione (seppur mai l'hanno avuta) nelle nuove serie istituite nell'archivio che li aveva ricevuti. Appartengono al primo caso le serie relative ai verbali dei Consigli speciali della Cassa ecclesiastica, a quelli della Giunta liquidatrice dell'asse ecclestiastico di Roma, alla raccolta, curata sempre della Cassa ecclesiastica, di normativa, circolari, pareri e sentenze. Al secondo caso, invece, sono riconducibili i diversi frammenti di serie inquadrati nei fondi relativi all'Economato generale dei benefici vacanti di Torino (Regno di Sardegna), all'Ammnistrazione della Cassa ecclesiastica (Ufficio di Torino e Direzione speciale delle Province napoletane), agli Economati generali dei benefici vacanti di Torino (Regno d'Italia) e di Napoli, alla Giunta e Commissario per la liquidazione dell'asse ecclesiastico di Roma.
Nella descrizione i diversi fondi di archivio sono tra loro ordinati con criterio cronologico, basato cioè sull'arco temporale di produzione delle carte.
Inventario generale sommario elettronico; inventari analitici on-line di alcune serie.
Archivio storico del Fondo edifici di culto I. Le Corporazioni religione (1855-1977), a cura di C. Iuozzo, con la collaborazione di M. Cavietti, V. Corridori, L. De Santis, Roma, Palombi, 2013