Nell'ambito del nuovo Regno d'Italia, il Ministero di grazia e giustizia ed affari ecclesiastici del Regno di Sardegna assunse la denominazione di Ministero di grazia e giustizia e dei culti e ad esso furono trasferite le competenze esercitate dal Ministero dell'interno sabaudo in materia di culti acattolici (regio decreto 16 ottobre 1861, n. 275, in vigore dal 7 novembre). Fino al 1899 era articolato in divisioni, poi, con il d.m. 17 febbraio di quell'anno, accanto alle prime due divisioni (con competenza sul personale e i magistrati) furono create due Direzioni generali (degli affari civili e penali, e dei culti e notariato). Tuttavia, a partire dal 1855, dal Ministero già dipendeva l'Amministrazione della Cassa ecclesiastica, competente sul patrimonio degli enti ecclesiastici soppressi, compresi quelli colpiti dalla normativa emanata nelle province annesse allo Stato sabaudo dal 1860. Tale Amministrazione fu sostituita nel 1866 da quella del Fondo per il culto (poi Direzione generale) istituita dalla legislazione soppressiva emanata in quell'anno. Nell'ambito del Ministero trovarono poi posto la Giunta liquidatrice dell'Asse ecclesiastico di Roma (dal 1873) e il commissario regio che la sostituì dal 1879 fino al 1885, quando le sue competenze furono assorbite dalla Direzione generale del Fondo per il culto.
L'organizzazione ministeriale fu variamente articolata in un Gabinetto, in un Sottosegretariato, in un Segretariato generale, in Direzioni generali costituite da divisioni (per più dettagliate notizie, vedi, nel Sistema Guida generale degli Archivi di Stato italiani, la scheda Ministero di grazia e giustizia, Roma).
Nel 1905 fu istituito il Casellario centrale penale, mentre nel 1922 furono trasferite dal Ministero dell'interno le competenze relative alle carceri e ai riformatori. Nel frattempo, con il r.d. 16 novembre 1919, n. 2109 era stata determinata la nuova denominazione di Ministero della giustizia e degli affari di culto.
Una generale riorganizzazione si ebbe con il r.d. 27 ottobre 1927, n. 2187 e successivo d.m. 8 dicembre 1927, quando, peraltro, le funzioni amministrative furono affidate ai magistrati.
Infine, con il r.d. 20 luglio 1932, n. 884 le attribuzioni spettanti alla Direzione generale degli affari di culto ed alla Direzione generale del Fondo per il culto e del Fondo di beneficienza e religione nella città di Roma furono trasferite al Ministero dell'interno e, per conseguenza, la denominazione di Ministero della giustizia e degli affari di culto venne modificata in quella di Ministero di grazia e giustizia.