Ristabilita nel 1814 dopo la dominazione francese (v. il regio editto 21 maggio 1814, che richiamava l'osservanza delle regie costituzioni e delle altre provvidenze emanate sino al 23 giugno 1800), la Gran cancelleria assunse nel 1831 le competenze in materia di legislazione generale, affari ecclesiastici, personale dell'ordine giudiziario e notai. Articolata prima in uffici, poi in divisioni, essa fu denominata dopo il 1847 Ministero per gli affari ecclesiastici, di grazia e giustizia. Le sue funzioni furono definite con il regio decreto 21 dicembre 1850, n. 1122, la sua struttura con il r.d. 23 ottobre 1853, n. 1611. Per il Ministero di grazia e giustizia ed affari ecclesiastici, così denominato, era previsto un segretariato generale al quale dovevano far capo tre divisioni. Di esse, la prima risultava investita degli affari ecclesiastici. Questi, come enumerati dal citato r.d. 1122/1850 (art. 6, n. 1), erano: «la materia beneficiaria e giurisdizionale ecclesiastica, l'exequatur delle provvisioni pontificie, e le proposte per le autorizzazioni contemplate dalla Legge del 5 giugno 1850, e nel Decreto Reale del 12 luglio successivo quanto agli stabilimenti e corpi morali ecclesiastici. - L'Economato generale e l'Azienda del monte di riscatto in Sardegna. - Le nomine a vescovadi, serbato prima il disposto dell'art. 11 n° 7, ed alle abazie e benefizii di collazione pontificia. - Le nomine dei Consiglieri canonisti, del Giudice di appellazioni e gravami in Sardegna, e dei Regii Economi per le cause vescovili ed altre prebende vacanti in quel Regno. - L'alta sorveglianza sull'amministrazione dei fondi destinati alla Accademia di Soperga».

Nel 1855, in seguito alla legge 29 maggio 1855, n. 878 per la soppressione di diversi enti ecclesiastici, fu istituita la Cassa ecclesiastica, la cui amministrazione fu posta alle dipendenze del Ministero. Quest'ultimo, infine, dopo l'unificazione assunse una nuova denominazione e aggiunse alle precedenti anche nuove competenze con il r.d. 16 ottobre 1861, n. 275 (entrato in vigore il 7 novembre).