L'organizzazione del Ministero dell'interno è rimasta articolata per Direzioni generali fino all'abrogazione del decreto del Presidente della Repubblica 24 aprile 1982 n. 340, attuata dal d.p.r. 7 settembre 2001, n. 398 (entrato in vigore dal 21 novembre), il quale ha previsto una diversa organizzazione per Dipartimenti.
L'art. 5 del provvedimento (come modificato dall'art. 2 del d.p.r. 24 novembre 2009, n. 210) attribuisce al Dipartimento per le libertà civili e l'immigrazione «funzioni e compiti spettanti al Ministero nella tutela dei diritti civili, ivi compresi quelli concernenti:
a) l'immigrazione;
b) l'asilo;
c) la cittadinanza;
d) le confessioni religiose, fatto salvo quanto previsto dall'art. 2, comma 2, lettera e), del decreto legislativo 30 luglio 1999, n. 303, e l'amministrazione del patrimonio del Fondo edifici di culto.
Sotto la direzione di un Capo dipartimento sono poste sei Direzioni centrali:
- per le politiche dell'immigrazione e dell'asilo (la cui responsabilità è affidata a uno dei due vice capi dipartimento; l'altro è il vice capo vicario);
- dei servizi civili per l'immigrazione e l'asilo;
- per i diritti civili, la cittadinanza, le minoranze e le zone di confine;
- degli affari dei culti;
- per l'amministrazione del Fondo edifici di culto;
- per gli affari generali e per la gestione delle risorse finanziarie e strumentali.
Nell'ambito del Dipartimento operano:
- l'Ufficio del Commissario per il coordinamento delle iniziative antiracket e antiusura;
- l'Ufficio per le attività del Commissario per il coordinamento delle iniziative di solidarietà per le vittime dei reati di tipo mafioso;
- la Commissione nazionale per il diritto di asilo.
Successivamente, le tabelle 24-33 allegate al decreto ministeriale 18 novembre 2002 hanno provveduto a individuare i posti di funzione da conferire ai viceprefetti e viceprefetti aggiunti nell'ambito del Dipartimento, indicando così gli uffici di diretta collaborazione del Capo dipartimento e delineando le articolazioni interne delle Direzioni centrali e le rispettive funzioni attribuite ai dirigenti della carriera prefettizia. Modifiche sono state apportate con i d.m. 4 agosto 2005, 28 marzo 2007 e 22 ottobre 2012.
Con il decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri 11 giugno 2019, n. 78, è poi stato abrogato il citato d.p.r. 398/2001, rinnovando l'organizzazione degli uffici centrali di livello dirigenziale generale del Ministero dell'interno e apportando quindi modifiche alla struttura che tuttavia rimane sempre articolata per Dipartimenti e Direzioni centrali. In particolare, il Dipartimento per le libertà civili e l'immigrazione, le cui funzioni rimangono quelle precedenti, risulta ora articolato in cinque, anziché sei, Direzioni centrali:
- per la programmazione e i servizi generali (di cui è responsabile il vice capo dipartimento vicario);
- per le politiche migratorie - Autorità fondo asilo migrazione e integrazione (di cui è responsabile l'altro vice capo dipartimento);
- dei servizi civili per l'immigrazione e l'asilo;
- per i diritti civili, la cittadinanza e le minoranze;
- degli affari dei culti e per l'amministrazione del Fondo edifici di culto.
Nell'ambito del Dipartimento è previsto operi la Commissione nazionale per il diritto di asilo.