La direzione centrale è stata istituita con il decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri 11 giugno 2019, n. 78, che, all'art. 5, ha previsto l'unificazione delle funzioni attinenti i rapporti fra lo Stato e le confessioni religiose e quelle relative all'amministrazione del patrimonio del Fondo edifici di culto, nella medesima Direzione centrale sempre dipendente dal Dipartimento per le libertà civili e l'immigrazione. In altro contesto organizzativo ciò era già avvenuto quando, dal 1987 al 2001, quelle funzioni si trovarono concentrate nell'allora Direzione generale degli affari dei culti.

Il d.p.r. 78/2019 ha stabilito all'art. 10 che, entro otto mesi dalla sua entrata in vigore, successivi decreti ministeriali avrebbero provveduto all'individuazione e alla definizione dei compiti degli uffici e dei posti di funzione di livello dirigenziale non generale, nonche' alla loro distribuzione nelle strutture di livello dirigenziale generale dell'amministrazione. Tale previsione è stata attuata con l'emanazione di due decreti ministeriali datati 23 luglio 2020, con i quali si è provveduto ad individuare i posti di funzione di livello dirigenziale non generale da conferire, rispettivamente, ai viceprefetti e ai viceprefetti aggiunti nell'ambito degli uffici centrali del Ministero dell'interno, e ai dirigenti di seconda fascia dell'area funzioni centrali dell'Amministrazione civile dell'interno nell'ambito degli uffici centrali e periferici.