Con la l. 7 settembre 1879, n. 5069 (in vigore dal 30 settembre) il Commissario regio per la liquidazione dell'asse ecclesiastico di Roma subentrò alla Giunta liquidatrice, istituita dalla l. 19 giugno 1873, n. 1402 per l'applicazione nella città di Roma e nei territori delle diocesi suburbicarie della normativa di soppressione degli enti ecclesiastici.

Questa soluzione era stata adottata soprattutto perché si riteneva che un organo monocratico sarebbe stato più idoneo, rispetto a un organo collegiale quale era la Giunta, a riordinare e rendere più agile la gestione amministrativa, appesantita da un corpo burocratico giudicato pletorico e dispendioso rispetto ai compiti rimasti nella realizzazione dei fini indicati dalla citata l. 1402/1873, e, per di più, segnato da episodi di grave irregolarità amministrativa rilevati dalla Commissione di vigilanza prevista dalla norma appena richiamata.

Nominato con decreto reale, su proposta del ministro di grazia e giustizia, sentito il parere del Consiglio dei ministri, il commissario regio sarebbe stato investito delle medesime funzioni della Giunta, con l'incarico di definire entro due anni le operazioni che ancora rimanevano da compiere circa la liquidazione dell'Asse ecclesiastico di Roma. Gli impiegati ordinari che non avessero trovato posto nel nuovo assetto organizzativo sarebbe stati messi a disposizione per prestare servizio in altri uffici. Gli impiegati straordinari, che sarebbero stati dispensati dal servizio, avrebbero invece ricevuto una gratificazione economica. Infine, come era stato nei voti della Commissione di vigilanza sull'operato della Giunta, veniva delineato un quadro preciso delle norme e dei controlli contabili cui doveva essere sottoposta l'azione amministrativa del commissario. Questa doveva uniformarsi alle prescrizioni della l. 22 aprile 1869, n. 5026 sull'amministrazione del patrimonio dello Stato e sulla contabilità generale, eccettuate le norme relative all'ingerenza della ragioneria generale dello Stato, alla formazione dei bilanci, alla tenuta dei registri delle spese fisse, all'ammissione a pagamento dei mandati e alla vigilanza sulle entrate da parte della Direzione generale del tesoro. Ma, ciò che era più importante, gli atti di liquidazione dell'Asse ecclesiastico di Roma dovevano essere sottoposti al controllo della Corte dei conti, alla quale dovevano essere presentati, corredati dalla pertinente documentazione, anche i conti d'entrata e di spesa della Giunta dall'epoca della sua istituzione, per essere sottoposti al riscontro e al giudizio previsti dall'art. 10 della l. 14 agosto 1862, n. 800. Altre norne sulle operazioni di liquidazioni dell'Asse ecclesiastico di Roma, furono dettate dalla l. 5 luglio 1882, n. 848.

La struttura amministrativa al servizio del commissario regio può essere descritta sulla base degli organigrammi pubblicati nell'«Annuario giudiziario», anni 1881 (senza indicazione delle competenze degli uffici) e 1885, nonché nel «Calendario generale del Regno», anni 1883 e 1884. Essa risulta articolata in un gabinetto e tre divisioni, poi ridotte a due.

Il gabinetto si occupava delle relazioni con il Parlamento e la Commissione di vigilanza, degli affari riservati, dei decreti, del servizio di posta, del personale. Limitatamente al 1881 figura anche un ufficio d'ispezione, con un solo ispettore reggente.

La divisione legale-amministrativa era ripartita in due sezioni:
- a quella legale erano attribuite le questioni di massima, l'accertamento della natura degli enti soggetti a soppressione, le pensioni spettanti ai religiosi, gli affari relativi agli enti secolari e agli enti stranieri, le rivendicazioni e gli svincoli dei benefici di patronato, le riversibilità, le affrancazioni, le ipoteche, il contenzioso;
- alla sezione amministrativa competevano l'amministrazione e la vendita dei beni, gli affitti, le indagini sui benefici e le cappellanie e loro presa di possesso, le operazioni relative al Debito pubblico, l'accertamento dei debiti e crediti, le iscrizioni ipotecarie, l'appalto di lavori, i sussidi e le doti, la nomina dei rettori delle chiese e la custodia di arredi sacri, gli affari relativi ai lavori della Basilica di San Paolo e al Valetudinario di Santa Maria della Concezione.

Alla divisione tecnica erano assegnate le operazioni per la formazione e la stima dei lotti dei beni da mettere in vendita; il rilievo di piante topografiche ed iconografiche; la consegna di immobili al Governo, al Comune di Roma, alla Provincia, ai privati; le perizie tecniche, i progetti, la sovrintendenza ai lavori di manutenzione, i collaudi; il concentramento delle religiose.

Alla divisione di ragioneria, che comprendeva anche il servizio di cassa e ricevitoria, spettavano i bilanci (preventivi e consuntivi); la sorveglianza sui contabili incaricati della riscossione; i mandati di pagamento; le denunce per la tassa di manomorta e di ricchezza mobile; il pagamento delle imposte sugli immobili; la liquidazione degli assegni agli investiti; l'erogazione del Fondo speciale per Roma.

Nel 1885 le divisioni furono ridotte a due, poiché la divisione tecnica fu ridotta a sezione e aggregata ad una divisione legale-amministrativa e tecnica. Negli organigrammi figura a parte un servizio di archivio e di economato.

Il numero degli impiegati andò diminuendo da 47 nel 1883 a 35 nel 1885, con esclusione dal computo del commissario regio. Nel 1883 si contano 13 impiegati di prima categoria, 6 addetti all'ufficio tecnico, 12 di seconda categoria (di ragioneria), 16 impiegati d'ordine. Nel 1885 abbiamo 12 impiegati di prima categoria, 3 addetti all'ufficio tecnico, 12 di seconda categoria, 8 d'ordine. Negli organigrammi non vi è menzione di personale subalterno o inserviente, né di personale straordinario, che invece erano in servizio nell'ufficio della soppressa Giunta liquidatrice.

La previsione della durata biennale per la carica del commissario non fu rispettata. Le sue funzioni furono dapprima prorogate fino a tutto il mese di settembre 1882 (r.d. 21 agosto 1881, n. 384), poi fino a tutto il mese di settembre 1884 (r.d. 24 settembre 1882, n. 1004) e, infine, a tutto il mese di settembre 1885 (r.d. 11 ottobre 1884, n. 2176).

Con il r.d. 1° settembre 1885, n. 3341, tenuto conto dell'imminente scadenza del mandato del commissario regio, l'amministrazione del Fondo di beneficenza e religione nella città di Roma e la gestione delle residuali operazioni di liquidazione dell'Asse ecclesiastico della medesima città passarono nella competenza della Direzione generale del Fondo per il culto.