Il decreto del luogotenente generale del re nelle Province napoletane del 17 febbraio 1861, n. 251 trasferiva il patrimonio degli enti ecclesiasti soppressi nei territori continentali dell'ex Regno delle Due Sicilie alla «Cassa ecclesiastica dello Stato». Ma l'amministrazione dei beni era affidata a una «speciale Direzione» denominata appunto «Direzione speciale della Cassa ecclesiastica per le Provincie napolitane». Questa avrebbe avuto a suo capo un proprio direttore, assistito da un Consiglio speciale presieduto dal direttore stesso e composto, oltre che dal regio economo generale delle Province napoletane, da altri tre membri nominati dal luogotenente generale su proposta del Dicastero degli affari ecclesiastici. Quest'ultimo avrebbe poi esercitato una «superiore sorveglianza sull'amministrazione sotto la dipendenza del Governo centrale». Era dunque l'amministrazione sabauda in ultima istanza a tenere sotto controllo la speciale Direzione napoletana, attraverso uno dei Dicasteri appartenenti alla Luogotenenza generale.
Il regolamento di esecuzione del decreto luogotenenziale 251/1861, approvato con regio decreto 13 ottobre 1861, n. 319 - emanato ancora vigente la Luogotenenza generale, ma ormai ancora per poco, ossia fino al successivo 1° novembre - stabiliva che la Direzione napoletana, sebbene ufficio governativo distinto e indipendente dalle Finanze dello Stato, esercitasse le sue funzioni sotto la dipendenza dell'Amministrazione della Cassa ecclesiastica dello Stato, nell'ambito del Ministero di grazia e giustizia e affari ecclesiastici. Il regolamento ricalca quello di esecuzione della legge 29 maggio 1855, n. 878, approvato con r.d. 2 luglio 1855, n. 917, per quanto riguarda molti aspetti, fra cui le materie da sottoporre al Consiglio speciale, quelle di competenza del direttore e dell'amministrazione, il personale. Non era prevista un'apposita Commissione di sorveglianza, ma il direttore era tenuto a fornire all'Ufficio centrale di Torino tutti i chiarimenti di cui fosse richiesto ed inoltre, entro il mese di gennaio di ogni anno, una dettagliata relazione sullo stato della Cassa e le attività dell'ufficio, con «opportuni quadri, stati ed elenchi dimostrativi», una copia del bilancio dell'anno in corso e il consuntivo dell'anno precedente, allo scopo di mettere in grado l'Ufficio centrale stesso di riferire sulla materia alla Commissione di sorveglianza già istituita dalla legge 878/1855.
Anche il regolamento di cui al r.d. 319/1861 delineava quali fossero le strutture amministrative da mettere al servizio della Direzione napoletana sul territorio di sua competenza. Innanzitutto, alle prese di possesso dei beni appartenuti agli enti soppressi avrebbero dovuto procedere i giudici di Mandamento, coadiuvati dai loro cancellieri o da segretari appositamente assunti. Alla gestione dei beni della Cassa ecclesiastica e alla riscossione delle sue rendite avrebbero invece provveduto i ricevitori di registro e bollo, in servizio presso l'amministrazione demaniale periferica. Tuttavia, nella città di Napoli e nelle altre città di maggiore importanza avrebbero potuto essere incaricati più agenti della Cassa tra loro indipendenti con la competenza su uno o più quartieri e sezioni di territorio. L'incarico della gestione e riscossione avrebbe potuto essere affidato, sempre mediante decreto reale, ad altri funzionari dello Stato, attraverso accordi fra le amministrazioni di appartenenza e il direttore della Cassa, oppure assegnato direttamente ad altre persone che il direttore stesso avesse ritenuto conveniente incaricare.
I ricevitori del registro e bollo e gli altri agenti della Cassa dovevano procedere all'accertamento della rendita netta dei beni appartenuti agli enti soppressi, base per la liquidazione delle pensioni in favore dei religiosi e degli ecclesiastici delle chiese collegiate soppresse. Essi dovevano poi mettere mano con sollecitudine alla formazione dei registri necessari all'amministrazione patrimoniale della Cassa. Ugualmente, ricevitori e agenti avrebbero dovuto accertare il valore dei beni appartenenti agli enti del clero secolare colpiti dal decreto di soppressione: benefici semplici, cappellanie ecclesiastiche e laicali, abbazie. Infine, compito di questi funzionari era la riscossione delle quote di annuo concorso e degli altri redditi di competenza della Cassa, che essi avrebbero dovuto versare al cassiere della Direzione napoletana, direttamente o attraverso la Tesoreria generale di Napoli. Ai contabili veniva prescritta la tenuta di un registro di consistenza (catasto degli immobili); quattro distinti sommari, ove, per altrettante categorie, dovevano essere registrati i proventi da riscuotere; un ruolo per le quote di annuo concorso; un registro-giornale per l'annotazione di tutte le riscossioni; un piccolo giornale di cassa, ossia una minuta giornaliera di riscossione.
I pagamenti da effettuarsi nelle province dovevano essere eseguiti dai contabili della Cassa ecclesiastica o dai ricevitori; quelli da effettuarsi in Napoli erano invece demandati al cassiere. A ricoprire questo incarico era chiamato il tesoriere generale, il quale però era tenuto alla separazione dei fondi dei due rispettivi uffici ai quali così veniva ad appartenere: la Cassa ecclesiastica e la Tesoreria generale.
Come in quello approvato con r.d. 917/1855, anche in questo regolamento si trovano norme simili sui contratti, il bilancio di previsione e il consuntivo. Seguivano infine, con regolamento distinto, le norme generali per la fissazione e la riscossione della quota di annuo concorso.
L'elenco del personale con le rispettive qualifiche di ciascun impiegato, pubblicato nel «Calendario generale del Regno d'Italia» (anno 1864) e nell'«Annuario giudiziario» (anni 1864 e 1865), può fornirci una idea generica di come fosse organizzata la Direzione speciale napoletana. Escluso il direttore, erano in servizio presso di essa settanta impiegati. I diversi servizi erano affidati alle divisioni che probabilmente erano in numero di tre, dal momento che in ciascuno degli elenchi figurano tre funzionari con la qualifica di capo di divisione. L'articolazione delle divisioni in sezioni si inferisce dalla presenza di cinque impiegati con la qualifica di capo sezione. Nella gerarchia, subito dopo il direttore, compare un segretario capo. Con r.d. 23 agosto 1863 (g.u. 5 settembre 1863, n. 211 p. I) fu anche istituito un commissario speciale con l'incarico di promuovere nelle province napoletane il passaggio dei beni immobili della Cassa ecclesiastica al Demanio, secondo le disposizioni della legge 21 agosto 1862, n. 794.
La sede della Direzione speciale fu stabilita in Napoli. Successivamente alla soppressione della Cassa ecclesiastica con la legge 7 luglio 1866, n. 3036, l'ufficio continuò a funzionare provvisoriamente come Sezione temporanea di stralcio del Fondo per il culto, per il disbrigo delle pratiche ancora in corso riguardanti il vecchio ente patrimoniale, secondo le disposizioni di cui al capo IV del decreto luogotenenziale 21 luglio 1866, n. 3070, che approvava il regolamento esecutivo della l. 3036/1866.